Die Bestände des Klosterarchivs gehen ins 10. Jahrhundert zurück (Kaiser- und Königsurkunden). Im 12. Jahrhundert beginnt die Überlieferung der Privaturkunden, im 13. Jahrhundert setzt die Überlieferung des Verwaltungsschriftgutes ein.

Obwohl das Archiv Verluste hinnehmen musste (z.B. beim Überfall auf das Kloster 1314) und die Verwaltung im Spätmittelalter zu wünschen übrig liess, kann man feststellen, dass um 1520 mehr als 1300 im Archiv aufbewahrt wurden. Der durch intensivierten Verwaltungsaufwand bekannte allgemeine Verschriftlichungsprozess ist somit auch im Klosterarchiv Einsiedeln nachvollziehbar.

Die umfassende Reform und Reorganisation des Klosters seit der Mitte des 16. Jahrhunderts erforderte auch eine intensivierte Verwaltung, so dass das Archiv entsprechend anwuchs.

Die Raumverhältnisse und die schwache personelle Ausstattung führten dazu, dass zahlreiche Archive auf Aussenstellen des Klosters an Ort und Stelle blieben. Erst durch die Reorganisation in den Jahren 2005-2012 gelangten die Bestände der Propsteien (St. Gerold, Fahr), Statthaltereien (Einsiedeln, Pfäffikon, Sonnenberg/Freudenfels) sowie die Archivalien der Stiftsschule ins Klosterarchiv.