Die Freude über das neugeordnete Archiv währte allerdings nicht lange. Die Helvetische Revolution sorgte 1798 auch in Einsiedeln für neue Verhältnisse. Das Kloster wurde von den französischen und helvetischen Truppen eingenommen, der Konvent flüchtete grösstenteils, wobei der Abt offenbar nur die wichtigsten Dokumente mit sich nehmen konnte. Ein Teil der Bestände muss damals in der Kirche versteckt, ein anderer Teil vergraben worden sein. Die meisten Archivalien blieben aber in den Truhen oder Laden des Archivs und wurden wahrscheinlich im Verlaufe des Jahres 1798 nach Zug, dem Hauptort des helvetischen Kantons Waldstätten, gebracht. Dort wurden die 56 Truhen bis im November 1802 verwahrt, ehe sie nach einem längeren Hin und Her zwischen Schwyzern und Zugern wieder nach Einsiedeln überführt wurden. Damals gingen keine grössere Bestände verloren – im Gegensatz zur Bibliothek. An vielen Truhen zeugen heute noch die roten Siegel mit dem Zuger Kantonswappen von der Odyssee des Archivs Anfang des 19. Jahrhunderts.

Mit der Rückkehr in die vertrauten Wände war die Arbeit allerdings nicht getan. In der Folgezeit kamen weitere Materialien ins Archiv. Vieles wurde von den Archivaren eingearbeitet, Faszikel ergänzt, neue Faszikel gebildet und in den Summarien registriert. Grosse Verdienste erwarb sich hierbei Pater Norbert Flüeler. Viele Archivalien wurden zwar in den Räumlichkeiten gelagert, sind aber nicht erfasst worden. So etwa die wohl über 50’000 Fotographien aus Schule, Konvent und Privatsammlungen, die sich im Stiftsarchiv aufhäuften.